El juego cuenta con un sistema renovado de lucha. Incluye nuevas maneras de formar los equipos en función de sus habilidades, así como los contraataques y las pausas de guardia. Masashi Kishimoto trabajó en el juego, proporcionando el nuevo personaje Mecha Naruto, así como nuevos diseños para los personajes que pertenecen a la organización Akatsuki cuya historias se les está diciendo en este juego. El juego también incluye un modo de torneo en el que el jugador puede luchar contra tres luchadores de CPU al mismo tiempo. Los jugadores también pueden personalizar personajes.